Los autores alertan de que, en un campo que ha crecido con rapidez gracias a los avances en secuenciación genética, la interpretación de las señales microbianas puede estar condicionada por factores técnicos que conduzcan a conclusiones erróneas si no se aplican controles estrictos y validaciones independientes.

En los últimos años, la capacidad para rastrear material genético bacteriano, fúngico y viral en diferentes muestras biológicas ha permitido describir la posible presencia de microbios incluso en tejidos que tradicionalmente se consideraban estériles, como el cerebro o la placenta. Este fenómeno también se ha observado en tumores de distintos órganos, lo que ha despertado el interés por comprender si esos microorganismos podrían influir en el crecimiento del cáncer, su diseminación o la respuesta a los tratamientos. Sin embargo, los investigadores subrayan que muchos de esos hallazgos proceden de tejidos con cantidades ínfimas —o nulas— de material microbiano, lo que los hace extremadamente vulnerables a la contaminación durante la cirugía, la manipulación, el almacenamiento o el análisis en laboratorio.

El profesor asociado Niranjan Nagarajan, autor principal del trabajo e investigador de la Facultad de Medicina Yong Loo Lin de la Universidad Nacional de Singapur, advierte de la dificultad de interpretar correctamente estas señales. “Encontrar ADN microbiano en tumores es como buscar una aguja en un pajar", señala. “Si no se incorporan controles adecuados y una validación adicional al análisis, resulta muy difícil distinguir las señales microbianas genuinas del ruido de fondo”.

Nagarajan, que también dirige el área de IA y Computación y el Laboratorio de Tecnologías Metagenómicas y Sistemas Microbianos en el Instituto del Genoma de A*STAR, explica que el equipo revisó de forma crítica las prácticas habituales en este ámbito emergente. En ese análisis identificaron problemas metodológicos repetidos, como el uso insuficiente de controles negativos, una dependencia excesiva de los resultados bioinformáticos sin confirmación experimental y la falta de validación mediante técnicas complementarias.

Los investigadores aclaran que su informe no pretende cuestionar el papel que los microbios desempeñan en determinados tipos de cáncer. De hecho, recuerdan que en tejidos con una elevada carga microbiana, como el tracto gastrointestinal, la relación entre microorganismos y tumores está bien documentada. Su llamada de atención se centra, sobre todo, en los estudios que afirman la existencia de microbiomas complejos en tumores de tejidos con muy baja biomasa microbiana y que se apoyan en evidencias limitadas.

LISTA DE VERIFICACIÓN DE BUENAS PRÁCTICAS

Para ayudar a mejorar la calidad de las investigaciones en este ámbito, el equipo ha elaborado una lista de verificación con buenas prácticas que abarcan todas las fases del proceso científico, desde la recogida de las muestras hasta la secuenciación, el análisis de datos y la validación biológica posterior. Estas recomendaciones buscan ofrecer una guía práctica que reduzca el riesgo de contaminación y mejore la fiabilidad de los resultados publicados.

Entre las medidas propuestas figura la aplicación de técnicas asépticas estrictas durante la toma de muestras, la recogida de controles ambientales simultáneos y el análisis de tejido sano del mismo paciente para poder diferenciar mejor entre señal real y contaminación externa. También se insiste en la necesidad de mantener procedimientos de manipulación y almacenamiento en condiciones controladas, separadas de las áreas donde se amplifica ADN, así como en procesar muestras en blanco y controles de parafina en el caso de tejidos fijados.

El documento subraya igualmente la importancia de incluir controles de laboratorio y de secuenciación en cada tanda de análisis, replicar los hallazgos clave en laboratorios independientes o con diferentes kits de extracción y cuantificar las bibliotecas de secuenciación antes de su análisis. Asimismo, recomienda proporcionar metadatos detallados sobre la recogida y el procesamiento de las muestras para poder identificar posibles sesgos técnicos.

El doctor Chia Minghao, científico sénior del Instituto del Genoma de A*STAR y coautor del estudio, incide en la necesidad de extremar la precaución cuando se trabaja con señales tan débiles. “Cuando los investigadores trabajan con señales muy débiles, incluso un ruido de fondo mínimo puede influir en el resultado”, afirma. “Al implementar medidas de seguridad más rigurosas y confirmar los resultados mediante múltiples enfoques, la comunidad científica puede mejorar la reproducibilidad y garantizar que los futuros descubrimientos sobre microbios y cáncer se basen en fundamentos sólidos”.

Los autores concluyen que los microbios asociados a tumores podrían aportar información valiosa sobre la biología del cáncer y abrir la puerta a nuevos enfoques diagnósticos o terapéuticos, pero advierten de que los hallazgos poco concluyentes pueden frenar el avance del campo. Por ello, defienden la adopción de estándares más homogéneos y exigentes que refuercen la confianza en la investigación del microbioma del cáncer y permitan que los futuros descubrimientos sean realmente fiables, reproducibles y clínicamente relevantes.